fix(seeder): 统一数据初始化幂等性，使用 DB 标记替代文件标记

[xingyipeng]

问题

• agent_seeder 使用 .seeded 文件标记判断是否已初始化，换环境或连接远程数据库时标记丢失导致重复创建默认 Agent
• template_seeder / tool_seeder / skill_seeder 每次启动都会重建被用户手动删除的数据，不尊重用户操作

修复方案

4 个 Seeder 统一使用 system_settings 表的 DB 标记，替代文件标记：

Seeder	DB 标记 key
内置工具	builtin_tools_seeded
Atlassian 配置	atlassian_rovo_config_seeded
Agent 模板	builtin_templates_seeded
内置技能	builtin_skills_seeded
默认 Agent	default_agents_seeded

幂等三重检查逻辑

1. 检查 DB 标记 → 存在则跳过（即使数据被删也不重建，尊重用户操作）
2. 检查 DB 数据 → 已有数据则补写标记并跳过（兼容旧版本/远程数据库已有数据的场景）
3. 首次创建 → 创建数据并写入 DB 标记

其他改进

• seed_atlassian_rovo_config() 同步加入 DB 标记保护
• push_default_skills_to_existing_agents() 在技能未变化时跳过文件系统扫描，减少无意义 I/O
• ALEMBIC_GUIDELINES.md 补充数据初始化（Seeder）规范章节，约束团队后续开发

测试方式

1. 启动服务 → 确认 system_settings 表中写入了 5 个 *_seeded 标记
2. 手动删除某条数据（如 DELETE FROM agent_templates WHERE is_builtin = true）→ 重启 → 确认不会重建
3. 手动删除对应标记（如 DELETE FROM system_settings WHERE key = 'builtin_templates_seeded'）→ 重启 → 确认会重新创建
4. 连接已有数据的远程数据库 → 启动 → 确认自动补写标记，不重复创建