Skip to content

Add test fixtures for the riker module #378

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Open
tfenne wants to merge 1 commit into
base: main
Choose a base branch
from
Open

Add test fixtures for the riker module #378

Show file tree
Hide file tree
Changes from all commits
Commits
Show all changes
1 commit
Select commit
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
4 changes: 4 additions & 0 deletions data/modules/riker/alignment/HG00240.alignment-metrics.txt
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,4 @@
sample category total_reads aligned_reads frac_aligned hq_aligned_reads hq_aligned_bases hq_aligned_q20_bases hq_median_mismatches mismatch_rate hq_mismatch_rate indel_rate mean_read_length sd_read_length median_read_length mad_read_length min_read_length max_read_length mean_aligned_read_length aligned_reads_in_pairs frac_aligned_in_pairs reads_improperly_paired frac_reads_improperly_paired bad_cycles strand_balance frac_chimeras frac_softclipped_reads frac_hardclipped_reads mean_3prime_softclipped_bases
HG00240 read1 49290193 49272959 0.99965 45932523 4543946625 4266911175 0.00 0.004599 0.004363 0.000106 100.00 0.00 100.00 0.00 100 100 98.82 49091197 0.99631 1213329 0.02462 0 0.50414 0.01790 0.01184 0.00000 21.59
HG00240 read2 49290193 49096151 0.99606 45744255 4501617843 4174244580 0.00 0.006610 0.006364 0.000109 100.00 0.00 100.00 0.00 100 100 98.25 49091194 0.99990 1213326 0.02471 0 0.49571 0.01796 0.01744 0.00000 21.78
HG00240 pair 98580386 98369110 0.99786 91676778 9045564468 8441155755 0.00 0.005600 0.005359 0.000107 100.00 0.00 100.00 0.00 100 100 98.53 98182391 0.99810 2426655 0.02467 0 0.49993 0.01793 0.01464 0.00000 21.70
4 changes: 4 additions & 0 deletions data/modules/riker/alignment/HG03953.alignment-metrics.txt
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,4 @@
sample category total_reads aligned_reads frac_aligned hq_aligned_reads hq_aligned_bases hq_aligned_q20_bases hq_median_mismatches mismatch_rate hq_mismatch_rate indel_rate mean_read_length sd_read_length median_read_length mad_read_length min_read_length max_read_length mean_aligned_read_length aligned_reads_in_pairs frac_aligned_in_pairs reads_improperly_paired frac_reads_improperly_paired bad_cycles strand_balance frac_chimeras frac_softclipped_reads frac_hardclipped_reads mean_3prime_softclipped_bases
HG03953 read1 25439946 25432219 0.99970 23891276 3564333695 3501056033 0.00 0.004673 0.003977 0.000235 150.00 0.00 150.00 0.00 150 150 148.70 25366838 0.99743 632030 0.02485 0 0.50057 0.00694 0.00867 0.00000 39.34
HG03953 read2 25439946 25370547 0.99727 23659859 3522438310 3456502740 0.00 0.004889 0.004102 0.000243 150.00 0.00 150.00 0.00 150 150 147.83 25366838 0.99985 632030 0.02491 0 0.50081 0.00735 0.01441 0.00000 44.38
HG03953 pair 50879892 50802766 0.99848 47551135 7086772005 6957558773 0.00 0.004780 0.004039 0.000239 150.00 0.00 150.00 0.00 150 150 148.27 50733676 0.99864 1264060 0.02488 0 0.50069 0.00714 0.01154 0.00000 42.26
201 changes: 201 additions & 0 deletions data/modules/riker/basic/HG00240.base-distribution-by-cycle.txt
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,201 @@
sample read_end cycle frac_a frac_c frac_g frac_t frac_n
HG00240 1 1 0.28942 0.20943 0.20676 0.29184 0.00255
HG00240 1 2 0.28603 0.21469 0.21071 0.28856 0.00001
HG00240 1 3 0.27908 0.22161 0.21724 0.28207 0.00001
HG00240 1 4 0.27963 0.22114 0.21697 0.28226 0.00000
HG00240 1 5 0.28747 0.21336 0.20914 0.29003 0.00000
HG00240 1 6 0.28123 0.21971 0.21554 0.28352 0.00000
HG00240 1 7 0.27907 0.22193 0.21783 0.28117 0.00000
HG00240 1 8 0.28494 0.21586 0.21183 0.28738 0.00000
HG00240 1 9 0.28308 0.21768 0.21359 0.28565 0.00000
HG00240 1 10 0.28043 0.22036 0.21610 0.28312 0.00000
HG00240 1 11 0.28172 0.21908 0.21480 0.28440 0.00000
HG00240 1 12 0.28060 0.22020 0.21583 0.28336 0.00000
HG00240 1 13 0.28170 0.21913 0.21463 0.28453 0.00000
HG00240 1 14 0.28088 0.22014 0.21549 0.28348 0.00000
HG00240 1 15 0.27973 0.22129 0.21651 0.28226 0.00021
HG00240 1 16 0.27960 0.22154 0.21682 0.28203 0.00001
HG00240 1 17 0.27780 0.22155 0.21685 0.28052 0.00328
HG00240 1 18 0.27773 0.22327 0.21844 0.28056 0.00000
HG00240 1 19 0.27768 0.22341 0.21849 0.28042 0.00000
HG00240 1 20 0.27778 0.22352 0.21834 0.28036 0.00000
HG00240 1 21 0.27704 0.22424 0.21899 0.27973 0.00000
HG00240 1 22 0.27685 0.22416 0.21898 0.28001 0.00000
HG00240 1 23 0.27700 0.22403 0.21880 0.28017 0.00000
HG00240 1 24 0.27594 0.22520 0.21981 0.27903 0.00001
HG00240 1 25 0.27612 0.22492 0.21959 0.27935 0.00001
HG00240 1 26 0.27612 0.22497 0.21947 0.27936 0.00008
HG00240 1 27 0.27527 0.22576 0.22039 0.27849 0.00009
HG00240 1 28 0.27515 0.22579 0.22026 0.27869 0.00011
HG00240 1 29 0.27519 0.22591 0.22026 0.27850 0.00014
HG00240 1 30 0.27446 0.22665 0.22082 0.27800 0.00007
HG00240 1 31 0.27430 0.22663 0.22118 0.27784 0.00006
HG00240 1 32 0.27434 0.22671 0.22095 0.27795 0.00005
HG00240 1 33 0.27360 0.22746 0.22159 0.27728 0.00006
HG00240 1 34 0.27363 0.22734 0.22143 0.27752 0.00008
HG00240 1 35 0.27343 0.22743 0.22155 0.27750 0.00009
HG00240 1 36 0.27300 0.22789 0.22209 0.27694 0.00008
HG00240 1 37 0.27321 0.22780 0.22169 0.27728 0.00001
HG00240 1 38 0.27313 0.22790 0.22165 0.27727 0.00005
HG00240 1 39 0.27249 0.22835 0.22219 0.27692 0.00006
HG00240 1 40 0.27269 0.22828 0.22200 0.27698 0.00005
HG00240 1 41 0.27255 0.22836 0.22197 0.27704 0.00008
HG00240 1 42 0.27195 0.22894 0.22254 0.27649 0.00008
HG00240 1 43 0.27224 0.22878 0.22232 0.27658 0.00008
HG00240 1 44 0.27224 0.22871 0.22221 0.27676 0.00008
HG00240 1 45 0.27153 0.22927 0.22286 0.27615 0.00018
HG00240 1 46 0.27159 0.22935 0.22266 0.27616 0.00023
HG00240 1 47 0.27140 0.22951 0.22286 0.27602 0.00022
HG00240 1 48 0.27113 0.22985 0.22306 0.27577 0.00020
HG00240 1 49 0.27090 0.23001 0.22318 0.27563 0.00027
HG00240 1 50 0.27129 0.22951 0.22302 0.27595 0.00023
HG00240 1 51 0.27059 0.23025 0.22339 0.27553 0.00024
HG00240 1 52 0.27062 0.23028 0.22341 0.27553 0.00016
HG00240 1 53 0.27079 0.23013 0.22317 0.27580 0.00011
HG00240 1 54 0.27021 0.23078 0.22359 0.27529 0.00013
HG00240 1 55 0.27042 0.23051 0.22349 0.27544 0.00014
HG00240 1 56 0.27035 0.23049 0.22350 0.27552 0.00014
HG00240 1 57 0.26989 0.23103 0.22388 0.27505 0.00016
HG00240 1 58 0.26989 0.23105 0.22378 0.27517 0.00012
HG00240 1 59 0.26997 0.23101 0.22367 0.27518 0.00016
HG00240 1 60 0.26924 0.23160 0.22442 0.27458 0.00017
HG00240 1 61 0.26943 0.23137 0.22426 0.27475 0.00019
HG00240 1 62 0.26956 0.23142 0.22404 0.27480 0.00018
HG00240 1 63 0.26893 0.23201 0.22466 0.27418 0.00022
HG00240 1 64 0.26923 0.23176 0.22439 0.27436 0.00027
HG00240 1 65 0.26894 0.23188 0.22439 0.27439 0.00040
HG00240 1 66 0.26851 0.23226 0.22487 0.27388 0.00048
HG00240 1 67 0.26849 0.23240 0.22497 0.27362 0.00053
HG00240 1 68 0.26851 0.23237 0.22484 0.27368 0.00059
HG00240 1 69 0.26810 0.23258 0.22520 0.27350 0.00062
HG00240 1 70 0.26796 0.23280 0.22521 0.27340 0.00063
HG00240 1 71 0.26796 0.23278 0.22530 0.27347 0.00049
HG00240 1 72 0.26728 0.23359 0.22578 0.27288 0.00047
HG00240 1 73 0.26775 0.23324 0.22542 0.27315 0.00044
HG00240 1 74 0.26765 0.23342 0.22559 0.27302 0.00033
HG00240 1 75 0.26703 0.23409 0.22603 0.27265 0.00020
HG00240 1 76 0.26694 0.23398 0.22609 0.27277 0.00023
HG00240 1 77 0.26713 0.23377 0.22614 0.27265 0.00031
HG00240 1 78 0.26657 0.23443 0.22653 0.27214 0.00033
HG00240 1 79 0.26648 0.23464 0.22639 0.27217 0.00033
HG00240 1 80 0.26656 0.23459 0.22645 0.27211 0.00029
HG00240 1 81 0.26591 0.23520 0.22711 0.27155 0.00023
HG00240 1 82 0.26595 0.23509 0.22696 0.27171 0.00029
HG00240 1 83 0.26603 0.23511 0.22693 0.27164 0.00028
HG00240 1 84 0.26522 0.23597 0.22765 0.27091 0.00026
HG00240 1 85 0.26519 0.23592 0.22772 0.27080 0.00037
HG00240 1 86 0.26503 0.23591 0.22778 0.27081 0.00046
HG00240 1 87 0.26450 0.23637 0.22820 0.27032 0.00062
HG00240 1 88 0.26444 0.23651 0.22828 0.27013 0.00064
HG00240 1 89 0.26451 0.23664 0.22827 0.26999 0.00059
HG00240 1 90 0.26376 0.23727 0.22884 0.26952 0.00061
HG00240 1 91 0.26371 0.23746 0.22888 0.26933 0.00062
HG00240 1 92 0.26357 0.23746 0.22906 0.26918 0.00073
HG00240 1 93 0.26304 0.23823 0.22933 0.26876 0.00065
HG00240 1 94 0.26282 0.23847 0.22964 0.26851 0.00055
HG00240 1 95 0.26263 0.23864 0.22988 0.26842 0.00044
HG00240 1 96 0.26214 0.23901 0.23034 0.26804 0.00048
HG00240 1 97 0.26194 0.23940 0.23050 0.26768 0.00047
HG00240 1 98 0.26187 0.23951 0.23060 0.26759 0.00044
HG00240 1 99 0.26122 0.24031 0.23128 0.26679 0.00040
HG00240 1 100 0.26112 0.24022 0.23129 0.26689 0.00048
HG00240 2 1 0.29624 0.20134 0.20137 0.30061 0.00045
HG00240 2 2 0.28477 0.21539 0.20992 0.28789 0.00203
HG00240 2 3 0.27668 0.22268 0.21837 0.28011 0.00216
HG00240 2 4 0.27777 0.22108 0.21791 0.28102 0.00223
HG00240 2 5 0.28629 0.21283 0.20942 0.28907 0.00239
HG00240 2 6 0.27911 0.22011 0.21669 0.28149 0.00260
HG00240 2 7 0.27806 0.22208 0.21838 0.27996 0.00151
HG00240 2 8 0.28494 0.21531 0.21188 0.28685 0.00102
HG00240 2 9 0.28282 0.21746 0.21400 0.28476 0.00097
HG00240 2 10 0.28078 0.21992 0.21607 0.28289 0.00034
HG00240 2 11 0.28190 0.21901 0.21487 0.28394 0.00027
HG00240 2 12 0.28098 0.22009 0.21584 0.28288 0.00021
HG00240 2 13 0.28210 0.21869 0.21441 0.28461 0.00020
HG00240 2 14 0.28095 0.22001 0.21545 0.28336 0.00022
HG00240 2 15 0.28001 0.22101 0.21650 0.28228 0.00020
HG00240 2 16 0.27977 0.22124 0.21675 0.28202 0.00021
HG00240 2 17 0.27902 0.22197 0.21739 0.28144 0.00018
HG00240 2 18 0.27789 0.22310 0.21852 0.28034 0.00015
HG00240 2 19 0.27795 0.22308 0.21833 0.28038 0.00026
HG00240 2 20 0.27764 0.22340 0.21836 0.27991 0.00069
HG00240 2 21 0.27669 0.22388 0.21886 0.27951 0.00105
HG00240 2 22 0.27668 0.22374 0.21872 0.27941 0.00145
HG00240 2 23 0.27642 0.22373 0.21864 0.27945 0.00176
HG00240 2 24 0.27534 0.22506 0.21979 0.27836 0.00145
HG00240 2 25 0.27570 0.22445 0.21940 0.27905 0.00139
HG00240 2 26 0.27527 0.22501 0.21972 0.27857 0.00143
HG00240 2 27 0.27465 0.22590 0.22049 0.27809 0.00087
HG00240 2 28 0.27469 0.22542 0.22030 0.27788 0.00170
HG00240 2 29 0.27461 0.22569 0.22011 0.27801 0.00159
HG00240 2 30 0.27365 0.22649 0.22111 0.27727 0.00148
HG00240 2 31 0.27375 0.22663 0.22117 0.27712 0.00132
HG00240 2 32 0.27352 0.22696 0.22126 0.27701 0.00125
HG00240 2 33 0.27318 0.22786 0.22199 0.27674 0.00023
HG00240 2 34 0.27327 0.22753 0.22150 0.27716 0.00053
HG00240 2 35 0.27208 0.22699 0.22112 0.27603 0.00378
HG00240 2 36 0.27252 0.22843 0.22252 0.27643 0.00011
HG00240 2 37 0.27303 0.22797 0.22191 0.27697 0.00011
HG00240 2 38 0.27273 0.22828 0.22201 0.27679 0.00019
HG00240 2 39 0.27224 0.22877 0.22264 0.27620 0.00015
HG00240 2 40 0.27240 0.22848 0.22222 0.27672 0.00018
HG00240 2 41 0.27220 0.22867 0.22223 0.27659 0.00031
HG00240 2 42 0.27157 0.22921 0.22308 0.27581 0.00033
HG00240 2 43 0.27154 0.22878 0.22250 0.27600 0.00118
HG00240 2 44 0.27138 0.22892 0.22239 0.27584 0.00147
HG00240 2 45 0.27069 0.22959 0.22295 0.27516 0.00161
HG00240 2 46 0.27085 0.22933 0.22305 0.27551 0.00125
HG00240 2 47 0.27051 0.22939 0.22254 0.27517 0.00239
HG00240 2 48 0.26998 0.22992 0.22333 0.27470 0.00207
HG00240 2 49 0.27018 0.22987 0.22320 0.27503 0.00171
HG00240 2 50 0.27039 0.22975 0.22304 0.27486 0.00196
HG00240 2 51 0.26998 0.23058 0.22389 0.27485 0.00070
HG00240 2 52 0.26990 0.23050 0.22373 0.27466 0.00120
HG00240 2 53 0.26993 0.23016 0.22349 0.27478 0.00163
HG00240 2 54 0.26961 0.23124 0.22415 0.27448 0.00051
HG00240 2 55 0.26987 0.23083 0.22390 0.27475 0.00065
HG00240 2 56 0.26966 0.23125 0.22419 0.27463 0.00028
HG00240 2 57 0.26926 0.23155 0.22455 0.27445 0.00020
HG00240 2 58 0.26926 0.23127 0.22440 0.27435 0.00072
HG00240 2 59 0.26926 0.23169 0.22451 0.27432 0.00021
HG00240 2 60 0.26863 0.23231 0.22512 0.27377 0.00016
HG00240 2 61 0.26881 0.23197 0.22482 0.27388 0.00051
HG00240 2 62 0.26860 0.23228 0.22484 0.27384 0.00043
HG00240 2 63 0.26770 0.23254 0.22529 0.27303 0.00144
HG00240 2 64 0.26825 0.23211 0.22488 0.27340 0.00135
HG00240 2 65 0.26820 0.23290 0.22529 0.27323 0.00039
HG00240 2 66 0.26767 0.23317 0.22572 0.27309 0.00035
HG00240 2 67 0.26773 0.23317 0.22587 0.27286 0.00037
HG00240 2 68 0.26734 0.23312 0.22578 0.27265 0.00111
HG00240 2 69 0.26683 0.23371 0.22602 0.27229 0.00115
HG00240 2 70 0.26687 0.23359 0.22617 0.27226 0.00112
HG00240 2 71 0.26670 0.23368 0.22620 0.27203 0.00139
HG00240 2 72 0.26607 0.23456 0.22687 0.27140 0.00110
HG00240 2 73 0.26647 0.23401 0.22653 0.27195 0.00105
HG00240 2 74 0.26628 0.23440 0.22680 0.27154 0.00098
HG00240 2 75 0.26556 0.23504 0.22733 0.27101 0.00106
HG00240 2 76 0.26569 0.23497 0.22707 0.27122 0.00105
HG00240 2 77 0.26556 0.23496 0.22723 0.27104 0.00120
HG00240 2 78 0.26503 0.23559 0.22785 0.27049 0.00104
HG00240 2 79 0.26504 0.23570 0.22783 0.27055 0.00088
HG00240 2 80 0.26475 0.23596 0.22799 0.27027 0.00104
HG00240 2 81 0.26431 0.23641 0.22855 0.26984 0.00088
HG00240 2 82 0.26424 0.23633 0.22843 0.26981 0.00119
HG00240 2 83 0.26390 0.23681 0.22874 0.26955 0.00099
HG00240 2 84 0.26324 0.23762 0.22949 0.26885 0.00080
HG00240 2 85 0.26360 0.23744 0.22945 0.26900 0.00051
HG00240 2 86 0.26339 0.23764 0.22949 0.26874 0.00075
HG00240 2 87 0.26259 0.23839 0.23013 0.26817 0.00073
HG00240 2 88 0.26249 0.23835 0.23000 0.26801 0.00115
HG00240 2 89 0.26204 0.23867 0.23033 0.26767 0.00129
HG00240 2 90 0.26146 0.23931 0.23082 0.26716 0.00124
HG00240 2 91 0.26140 0.23939 0.23094 0.26703 0.00124
HG00240 2 92 0.26111 0.23966 0.23121 0.26677 0.00125
HG00240 2 93 0.25925 0.23950 0.23084 0.26495 0.00546
HG00240 2 94 0.26021 0.24073 0.23208 0.26574 0.00124
HG00240 2 95 0.25990 0.24098 0.23238 0.26561 0.00113
HG00240 2 96 0.25929 0.24177 0.23303 0.26492 0.00099
HG00240 2 97 0.25930 0.24167 0.23303 0.26482 0.00117
HG00240 2 98 0.25893 0.24226 0.23325 0.26449 0.00107
HG00240 2 99 0.25802 0.24299 0.23399 0.26373 0.00126
HG00240 2 100 0.25826 0.24286 0.23392 0.26385 0.00111
Loading