From 0fb890de4ccf2a6b3924600140eb69e445b4b807 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Sat, 8 Aug 2026 16:31:05 +0000
Subject: [PATCH 1/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20Optimize=20dataframe=20?=
 =?UTF-8?q?assignment=20using=201D=20vector=20subsetting?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 .jules/bolt.md |  3 +++
 R/aFIPC.R      | 48 ++++++++++++++++++++++++------------------------
 2 files changed, 27 insertions(+), 24 deletions(-)

diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md
index 7d3c603..778f94a 100644
--- a/.jules/bolt.md
+++ b/.jules/bolt.md
@@ -16,3 +16,6 @@
 ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
 **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.
+## 2025-02-13 - R 언어에서 데이터프레임 값 할당 시 2차원 부분집합 오버헤드 최적화
+**Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 조건에 맞는 값을 변경할 때 2차원 방식(`df[df$idx == 'val', 'col'] <- new_val`)을 사용하면 매번 내부적으로 차원(dimension) 검사 및 복사가 일어나 상당한 연산 오버헤드(O(N) 수준의 복사)가 발생합니다.
+**Action:** 이를 1차원 벡터 할당(`df$col[df$idx == 'val'] <- new_val`)으로 변경하면 R의 `[<-.data.frame` 메소드 오버헤드를 건너뛰고 C-level 벡터 수정으로 바로 처리되어 복사본 생성을 방지하고 처리 속도를 2배 이상 크게 향상시킬 수 있습니다.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 6254651..1f1b543 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -598,15 +598,15 @@ autoFIPC <-
     # Preserve mirt's structural estimability flags. Forcing every row TRUE
     # frees boundary parameters such as 2PL g/u and makes the Hessian unstable.
 
-    NewScaleParms[NewScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE
-    OldScaleParms[OldScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE
+    NewScaleParms$est[NewScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE
+    OldScaleParms$est[OldScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE
 
-    NewScaleParms[NewScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE
-    OldScaleParms[OldScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE
+    NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE
+    OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE
 
     if (itemtype == 'Rasch') {
-      NewScaleParms[NewScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[OldScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "a1"] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "a1"] <- FALSE
     }
 
     #IPD
@@ -786,14 +786,14 @@ autoFIPC <-
         oldIdx <- oldScaleParmsItemIdxCache[[oldFormItemStr]]
 
         # ⚡ Bolt: Remove unnecessary paste0() array string generation overhead
-        message('   Newform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '))
-        message('   Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms[oldIdx, "value"], collapse = ' '))
+        message('   Newform Parms: ', paste(NewScaleParms$value[newIdx], collapse = ' '))
+        message('   Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms$value[oldIdx], collapse = ' '))
 
-        NewScaleParms[newIdx, "value"] <-
-          OldScaleParms[oldIdx, "value"]
-        message('   Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '), '\n')
+        NewScaleParms$value[newIdx] <-
+          OldScaleParms$value[oldIdx]
+        message('   Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms$value[newIdx], collapse = ' '), '\n')
 
-        NewScaleParms[newIdx, "est"] <-
+        NewScaleParms$est[newIdx] <-
           FALSE
       } else {
         message(
@@ -813,9 +813,9 @@ autoFIPC <-
       newBetaIdx <- NewScaleParms$item == 'BETA'
       oldBetaIdx <- OldScaleParms$item == 'BETA'
 
-      NewScaleParms[newBetaIdx, "value"] <-
-        OldScaleParms[oldBetaIdx, "value"]
-      NewScaleParms[newBetaIdx, "est"] <-
+      NewScaleParms$value[newBetaIdx] <-
+        OldScaleParms$value[oldBetaIdx]
+      NewScaleParms$est[newBetaIdx] <-
         FALSE
 
       message('applying BETA parameter as linking')
@@ -823,7 +823,7 @@ autoFIPC <-
       message(
         '   Linkedform Parms: ',
         paste0(
-          NewScaleParms[newBetaIdx, "value"],
+          NewScaleParms$value[newBetaIdx],
           ' '
         ),
         '\n'
@@ -858,13 +858,13 @@ autoFIPC <-
       new_mean11_idx <- NewScaleParms$name == "MEAN_11"
       old_mean11_idx <- OldScaleParms$name == "MEAN_11"
 
-      NewScaleParms[new_cov11_idx, "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[old_cov11_idx, "est"] <- FALSE
-      NewScaleParms[new_mean11_idx, "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[old_mean11_idx, "est"] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[new_cov11_idx] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[old_cov11_idx] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[new_mean11_idx] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[old_mean11_idx] <- FALSE
 
-      NewScaleParms[new_cov11_idx, "value"] <- 1
-      OldScaleParms[old_mean11_idx, "value"] <- 0
+      NewScaleParms$value[new_cov11_idx] <- 1
+      OldScaleParms$value[old_mean11_idx] <- 0
     }
     if (freeMEAN == T) {
       LinkedModelSyntax <-
@@ -875,8 +875,8 @@ autoFIPC <-
           'MEAN = F1'
         ))
 
-      NewScaleParms[NewScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE
-      OldScaleParms[OldScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE
+      NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE
+      OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE
     } else {
       LinkedModelSyntax <-
         mirt::mirt.model(paste0(

From 1b82b5f3d557248906f9be083c21334bfd46eb26 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Sat, 8 Aug 2026 16:41:08 +0000
Subject: [PATCH 2/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20Optimize=20dataframe=20?=
 =?UTF-8?q?assignment=20using=201D=20vector=20subsetting?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 .Rbuildignore | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)

diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index 232504f..388f1c6 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -22,3 +22,4 @@
 ^\.jules(/.*)?$
 ^\.trivyignore\.yaml$
 ^trivy\.yaml$
+^\.semgrepignore$

From bda2ff778531f7d532447f8cafed3baba0ffff02 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Sat, 8 Aug 2026 17:01:10 +0000
Subject: [PATCH 3/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20Optimize=20dataframe=20?=
 =?UTF-8?q?assignment=20using=201D=20vector=20subsetting=20and=20fix=20bui?=
 =?UTF-8?q?ld=20warnings?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 .jules/bolt.md | 3 ---
 R/aFIPC.R      | 2 +-
 2 files changed, 1 insertion(+), 4 deletions(-)

diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md
index 778f94a..7d3c603 100644
--- a/.jules/bolt.md
+++ b/.jules/bolt.md
@@ -16,6 +16,3 @@
 ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
 **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.
-## 2025-02-13 - R 언어에서 데이터프레임 값 할당 시 2차원 부분집합 오버헤드 최적화
-**Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 조건에 맞는 값을 변경할 때 2차원 방식(`df[df$idx == 'val', 'col'] <- new_val`)을 사용하면 매번 내부적으로 차원(dimension) 검사 및 복사가 일어나 상당한 연산 오버헤드(O(N) 수준의 복사)가 발생합니다.
-**Action:** 이를 1차원 벡터 할당(`df$col[df$idx == 'val'] <- new_val`)으로 변경하면 R의 `[<-.data.frame` 메소드 오버헤드를 건너뛰고 C-level 벡터 수정으로 바로 처리되어 복사본 생성을 방지하고 처리 속도를 2배 이상 크게 향상시킬 수 있습니다.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 1f1b543..661c97b 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -864,7 +864,7 @@ autoFIPC <-
       OldScaleParms$est[old_mean11_idx] <- FALSE
 
       NewScaleParms$value[new_cov11_idx] <- 1
-      OldScaleParms$value[old_mean11_idx] <- 0
+      NewScaleParms$value[new_mean11_idx] <- 0
     }
     if (freeMEAN == T) {
       LinkedModelSyntax <-

From a59e8b665c41c1c88433582c7bd3dbdd293e2eb3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Sat, 8 Aug 2026 17:21:34 +0000
Subject: [PATCH 4/4] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20Optimize=20dataframe=20?=
 =?UTF-8?q?assignment=20using=201D=20vector=20subsetting=20and=20fix=20bui?=
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MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 R/aFIPC.R | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 661c97b..1f1b543 100644
--- a/R/aFIPC.R
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@@ -864,7 +864,7 @@ autoFIPC <-
       OldScaleParms$est[old_mean11_idx] <- FALSE
 
       NewScaleParms$value[new_cov11_idx] <- 1
-      NewScaleParms$value[new_mean11_idx] <- 0
+      OldScaleParms$value[old_mean11_idx] <- 0
     }
     if (freeMEAN == T) {
       LinkedModelSyntax <-