diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 4c49bd7..ecd9a83 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1 +1,2 @@ .env +*.mov \ No newline at end of file diff --git a/assets/yggdrasil.png b/assets/yggdrasil.png new file mode 100644 index 0000000..1f02b9b Binary files /dev/null and b/assets/yggdrasil.png differ diff --git a/clinicians.html b/clinicians.html index c6f63ab..6fa1121 100644 --- a/clinicians.html +++ b/clinicians.html @@ -37,12 +37,10 @@
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Guida per annotatori

Guida ReportX per gli Annotatori

Protocollo di annotazione, campi di annotazione ed esempi.

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Annotator guide

ReportX Annotators Guide

Annotation protocol, annotation fields, and examples.

@@ -54,7 +52,6 @@

ReportX Annotators Guide

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Obiettivo

Annotazione del dataset BraTS2023 completo

@@ -62,12 +59,12 @@

Annotazione del dataset BraTS2023 completo

I referti saranno letti e processati anche da sistemi automatici. Per questo è importante descrivere ogni reperto in modo preciso, esplicito e standardizzato, evitando formulazioni ambigue o troppo variabili tra casi simili.

Quando descrivi un finding, usa sempre la stessa logica: indica la sede, specifica la componente tumorale coinvolta quando rilevante e riporta la caratteristica osservata. Mantieni lo stesso modo di spiegare concetti ricorrenti, così il testo resta naturale per l'annotatore ma più facilmente interpretabile dalla macchina.

- +

L'articolo derivato verrà sottoposto a Nature. Tutti gli annotatori i cui referti superano il controllo di qualità saranno inclusi come autori.

+
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Goal

Annotation of the full BraTS2023 dataset

@@ -75,12 +72,12 @@

Annotation of the full BraTS2023 dataset

The reports will also be read and processed by automatic systems. For this reason, each finding should be described precisely, explicitly, and consistently, avoiding ambiguous wording or excessive variation across similar cases.

When describing a finding, follow the same structure whenever possible: state the location, specify the tumor component involved when relevant, and report the observed characteristic. Keep recurring concepts phrased consistently, so the text remains natural for the annotator while being easier for machines to interpret.

- +

The resulting paper will be submitted to Nature. Every annotator whose reports pass the quality check will be included as an author.

+
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Reference

Tumor Region Legend

@@ -119,7 +116,6 @@

Tumor Region Legend

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Template

Field Definitions

@@ -302,7 +298,6 @@

Field Definitions

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English version

ReportX Dataset Template

Structured definition of dataset fields for reporting on ToothFairy4M.

@@ -343,7 +338,6 @@

ReportX Dataset Template

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Annotation fields

Field Definitions

@@ -506,7 +500,6 @@

Subject-Specific Findings

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Annotation

Annotation Protocol

@@ -518,7 +511,6 @@

Annotation Protocol

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Classification

Multifocal, Multicentric, Single

The annotation protocol defines specific and objective criteria to classify a lesion as single, multifocal, or multicentric. ED is shown in red, NETC in green, and ET in blue.

@@ -571,7 +563,6 @@

Multifocal, Multicentric, Single

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Example

Example Original Report

The example report represents the model to follow when compiling the annotation.

@@ -606,7 +597,6 @@

Example Original Report

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Mapping

Report Decomposed According to the Template

This decomposition shows how each template field corresponds to information in the free-text report.

@@ -707,17 +697,21 @@

Report Decomposed According to the Template

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Platform

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Using the ToothFairy4M Platform

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Using the Yggdrasil Platform

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The annotation platform is available at yggdrasil.ing.unimore.it.

+

All annotation work will be carried out on the Yggdrasil platform.

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For any problems, please contact reportx@unimore.it.

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Here's a quick tutorial:

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Versione italiana

Template del Dataset ReportX

Definizione strutturata dei campi del dataset per la refertazione su ToothFairy4M.

@@ -758,7 +752,6 @@

Template del Dataset ReportX

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Campi di annotazione

Definizione dei Campi

@@ -921,7 +914,6 @@

Reperti Specifici del Soggetto

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Annotazione

Protocollo di Annotazione

@@ -933,7 +925,6 @@

Protocollo di Annotazione

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Classificazione

Multifocale, Multicentrico, Singolo

Nel protocollo sono definiti criteri specifici e oggettivi per classificare una lesione come singola, multifocale o multicentrica. ED è indicato in rosso, NETC in verde ed ET in blu.

@@ -986,7 +977,6 @@

Multifocale, Multicentrico, Singolo

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Esempio

Esempio di Referto Originale

Il referto di esempio rappresenta il modello da seguire per la compilazione.

@@ -1021,7 +1011,6 @@

Esempio di Referto Originale

-

Mapping

Referto Scomposto secondo il Template

Questa scomposizione mostra come ciascun campo del template trovi una corrispondenza nel testo libero.

@@ -1122,11 +1111,16 @@

Referto Scomposto secondo il Template

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Piattaforma

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Utilizzo della piattaforma ToothFairy4M

+

Utilizzo della piattaforma Yggdrasil

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Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incidunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrum exercitationem ullamco laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur.

+

La piattaforma di annotazione è disponibile su yggdrasil.ing.unimore.it.

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Tutto il lavoro di refertazione verrà fatto sulla piattaforma Yggdrasil.

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Per qualsiasi problema, contattare reportx@unimore.it.

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Ecco un breve tutorial:

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@@ -1143,6 +1137,10 @@

Utilizzo della piattaforma ToothFairy4M

document.querySelectorAll('input[name="language"]').forEach((input) => { input.addEventListener('change', () => { document.body.dataset.lang = input.id === 'lang-en' ? 'en' : 'it'; + document.querySelectorAll('.video-wrap video').forEach((video) => { + video.pause(); + video.load(); + }); }); }); diff --git a/dataset-release.html b/dataset-release.html index f434bd3..70a9ecb 100644 --- a/dataset-release.html +++ b/dataset-release.html @@ -30,7 +30,6 @@
-

ReportX instructions hub

One template, three ways in.

Pick the documentation path you need: dataset release fields, the Italian @@ -55,7 +54,6 @@

One template, three ways in.

-

Reference

Tumor Region Legend

@@ -94,7 +92,6 @@

Tumor Region Legend

-

Template

Field Definitions

@@ -277,7 +274,6 @@

Field Definitions

-

Annotator guide

Annotators Version in English

Free-text reporting instructions and annotator-facing fields translated from the Italian annotation guide.

@@ -382,7 +378,6 @@

Annotators Version in English

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Versione italiana

Template del Dataset ReportX

Definizione strutturata dei campi del dataset per la refertazione su ToothFairy4M.

@@ -423,7 +418,6 @@

Template del Dataset ReportX

-

Campi di annotazione

Definizione dei Campi

@@ -560,7 +554,6 @@

Reperti Specifici del Soggetto

-

Annotazione

Protocollo di Annotazione

@@ -572,7 +565,6 @@

Protocollo di Annotazione

-

Classificazione

Multifocale, Multicentrico, Singolo

Nel protocollo sono definiti criteri specifici e oggettivi per classificare una lesione come singola, multifocale o multicentrica. ED è indicato in rosso, NETC in verde ed ET in blu.

@@ -625,7 +617,6 @@

Multifocale, Multicentrico, Singolo

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Esempio

Esempio di Referto Originale

Il referto di esempio rappresenta il modello da seguire per la compilazione.

@@ -640,7 +631,6 @@

Esempio di Referto Originale

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Mapping

Referto Scomposto secondo il Template

Questa scomposizione mostra come ciascun campo del template trovi una corrispondenza nel testo libero.

@@ -741,11 +731,16 @@

Referto Scomposto secondo il Template

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Piattaforma

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Utilizzo della piattaforma ToothFairy4M

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Utilizzo della piattaforma Yggdrasil

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Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incidunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrum exercitationem ullamco laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur.

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La piattaforma di annotazione è disponibile su yggdrasil.ing.unimore.it.

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Tutto il lavoro di refertazione verrà fatto sulla piattaforma Yggdrasil.

+

Per qualsiasi problema, contattare reportx@unimore.it.

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Ecco un breve tutorial:

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diff --git a/docker-compose.yml b/docker-compose.yml index dcb06f8..e03c30d 100644 --- a/docker-compose.yml +++ b/docker-compose.yml @@ -5,6 +5,7 @@ services: restart: unless-stopped volumes: - .:/usr/share/nginx/html:ro + - ../videos:/usr/share/nginx/html/videos:ro ports: # http://ReportX.unimore.it:8096 → nginx - "8096:8080" diff --git a/feedback.html b/feedback.html index c7d483d..44372e3 100644 --- a/feedback.html +++ b/feedback.html @@ -52,6 +52,10 @@ ReportX + + Powered by + +